De missie van W&Z is duidelijk: een duurzaam en dynamisch beheer van de bevaarbare waterwegen in het werkingsgebied van de vennootschap, inclusief de erlangs gelegen terreinen. W&Z stimuleert het multifunctioneel gebruik van deze waterwegen en gronden, met oog voor de belangen van alle actoren en extra aandacht voor veiligheid en integraal waterbeheer.

W&Z beschouwt zijn missie als een belangrijk maatschappelijk project en voert een modern, vernieuwend en toekomstgericht beleid met als inzet een mobieler, veiliger en groener Vlaanderen.